رهبر انقلاب اسلامی با صدور پیامی، درگذشت حجت‌الاسلام سیدمحمد شاهچراغی را تسلیت گفتند و از خدمات علمی، دینی و مردمی این عالم مجاهد و خدوم تجلیل کردند. این پیام با تأکید بر جایگاه معنوی و تلاش‌های ماندگار او در عرصه‌های مختلف دینی و اجتماعی منتشر شد.